Pemungutan suara putaran kedua digelar pada 14 Desember 2013. Anggota Badan Pengawas Pemilu (Bawaslu) Maluku Lusy Peilouw membenarkan dana yang dibutuhkan oleh Bawaslu untuk putaran kedua sebesar Rp 11,9 miliar sudah dicairkan oleh pemerintah. Dengan dicairkannya dana itu, Bawaslu memutuskan untuk melanjutkan pengawasan putaran kedua.
Setelah sebelumnya memutuskan untuk menunda pencairan dana putaran kedua pemilukada Maluku putaran II , Pemerintah Provinsi Maluku akhirnya mencairkan sebagian besar dana tersebut, Selasa (10/12/2013). Dana yang sudah dicairkan itu baru untuk Badan Pengawas Pemilu (Bawaslu) Maluku. Padahal saat ini pemilu sudah memasuki putaran kedua dengan hanya diikuti dua pasangan calon peraih suara terbanyak pada putaran pertama, yaitu Said Assagaf-Zeth Sahuburua dan Abdullah Vanath-Marthin Jonas Maspaitella.
Sementara itu Pangdam XVI Pattimura, Mayjen TNI Eko Wiratmoko meminta pihak-pihak yang ingin menggagalkan pemilukada Maluku putaran II agar tidak menciptakan kondisi yang dapat mengganggu stabilitas keamanan. Pernyataan ini disampaikan Eko kepada Kompas.com, Senin (9/12/2013) menyusul beredarnya kabar di masyarakat Maluku bahwa pemilukada putaran II tidak akan berjalan mulus dan akan menimbulkan kerawanan di masyarakat.
"Saya minta mereka yang ingin menggagalkan pemilukada agar dapat sadar. Pemilukada Maluku harus berjalan aman dan tertib. Kasihan sudah banyak uang rakyat terpakai untuk proses pemilukada Maluku," ungkap Eko. "Saya pikir masyarakat Maluku sudah cukup bijak dalam melihat sebuah masalah, jadi mudah-mudahan tidak akan terjadi apa-apa," ungkapnya pula.
Meski saat ini banyak isu yang berkembang di masyarakat, Eko menilai sejauh ini kondisi keamanan di Maluku masih sangat kondusif. Dia pun menilai kalau masyarakat Maluku sudah sangat bijak dalam melihat sebuah persoalan. Terkait masalah tersebut, dia mengimbau seluruh masyarakat Maluku agar tetap bersatu dan tidak terprovokasi dengan berbagai isu yang sengaja diciptakan pihak-pihak yang tidak
bertanggung jawab.
"Dan kepada KPU jangan takut. Jalankan saja tugasnya sesuai dengan ketentuan yang berlaku," pintanya. Dia juga menjamin aparat TNI akan membantu polisi dalam pengamanan pemilukada yang berlangsung pada 14 Desember 2013. "Oh jelas, TNI akan mengamankan sepenuhnya proses pemilukada putaran kedua nanti. Jadi jangan warga tidak pelu takut," jelasnya.
